এই হাসপাতাল তৈরির প্রাথমিক কার্যক্রম শুরু হয় ১৮৬৭ সালে। বাগুটিয়ার জমিদার জনাব কালিপদ ঘোষ তাঁর পৈতৃক বাড়ি এই হাসপাতাল কে দান করেন।

১৯৫০ সালে ১০ বেড নিয়ে এই সদর হাসপাতালের কার্যক্রম শুরু করা হয়।

১৯৫০ সালে এই হাসপাতাল কে ৫০ বেডে উন্নীত করা হয়।

১৯৮৩ সালে এই হাসপাতাল কে ১০০ বেডে উন্নীত করা হয়।

২০০৩ সালে এই হাসপাতাল কে ২৫০ বেডে উন্নীত করা হয়।

২০০৯ সালে এই হাসপাতালের সাথে ২৮ শয্যার করোনারি কেয়ার ইউনিট চালু করা হয়।

২০১০ সালে থেকে এই  হাসপাতাল যশোর মেডিকেল কলেজ হাসপাতাল হিসেবে ব্যবহৃত হচ্ছে।